2016년 전국지하철노동조합 총파업은 2016년 9월 27일, 박근혜 정부가 추진하던 공공기관 성과연봉제 도입 강행에 반발하여 전국철도노동조합(철도노조)과 전국의 지하철 노조가 연대하여 단행한 파업을 의미한다. 이는 1994년 이후 22년 만에 철도와 지하철 노조가 동시에 파업에 돌입한 사건으로, 공공운수노조 산하의 철도·지하철 부문 노동자들이 공동 투쟁 전선을 형성했다는 점에서 큰 사회적 파장을 일으켰다. 파업에는 철도노조를 비롯해 서울지하철노조(1~4호선), 서울도시철도노조(5~8호선), 부산지하철노조 등이 참여했다.

이번 파업의 핵심 원인은 기획재정부가 공공기관의 방만 경영을 해소하고 효율성을 높인다는 명목으로 추진한 '성과연봉제'였다. 정부는 성과에 따라 급여 차등을 두어 경쟁력을 강화해야 한다고 주장했으나, 노동계는 이를 '쉬운 해고'를 위한 전 단계로 규정하며 강력히 반대했다. 특히 국민의 생명과 안전을 담보해야 하는 공공운수 부문에서 직원 간의 성과 경쟁을 유도할 경우, 안전보다는 실적 위주의 업무 처리가 만연해져 공공성이 훼손되고 대형 사고의 위험이 커질 것이라고 비판했다. 또한, 노사 간의 합의 없이 이사회 의결만으로 취업규칙을 변경해 제도를 도입하려 한 절차적 문제점도 주요 쟁점이 되었다.

파업은 2016년 9월 27일 오전 9시를 기해 전국적으로 시작되었다. 초기에는 수도권 전철과 부산 지하철 등 주요 대중교통 수단의 운행 차질이 우려되었으나, 정부와 운영 기관은 필수유지업무 제도에 따라 대체 인력을 투입하여 출퇴근 시간대의 운행률을 평시 수준으로 유지하려 노력했다. 파업 진행 양상은 철도와 지하철이 다르게 나타났다. 서울지하철 양 공사 노조는 파업 3일째인 9월 29일, 사측과 집단교섭을 통해 '성과연봉제 도입 여부를 노사 합의로 결정한다'는 내용 등에 합의하며 파업을 종료했다. 이는 시민 불편을 최소화하고 장기 파업의 부담을 덜기 위한 결정이었다.

서울지하철 노조의 파업 철회 이후에도 부산지하철노조는 부분 파업과 재파업을 이어갔으며, 특히 코레일 소속의 철도노조는 단독으로 장기 파업을 지속했다. 정부는 이를 불법 파업으로 규정하고 법과 원칙에 따른 엄정 대응을 천명하며 노조 간부들을 고소·고발하고 직위해제 조치를 취하는 등 강경하게 맞섰다. 철도노조는 12월 초까지 파업을 이어가며 역대 최장기 철도 파업 기록(74일)을 세웠다. 결국 국정 농단 사태로 인한 박근혜 대통령 탄핵 정국 속에서 동력이 변화했고, 12월 7일 노사 간 임금협약이 타결되면서 철도 파업 또한 종료되었다.

2016년 총파업은 정부의 일방적인 노동 개혁 정책에 맞서 공공부문 노동자들이 '공공성 수호'를 기치로 내걸고 대규모로 저항했다는 점에서 역사적 의의를 갖는다. 비록 지하철 노조는 조기에 복귀했으나, 이 파업은 당시 사회적으로 논란이 되었던 성과주의의 폐해와 공공기관의 역할에 대한 화두를 던졌다. 이후 2017년 문재인 정부가 출범하면서 공공기관 성과연봉제 의무 도입 지침은 공식적으로 폐기되었고, 관련 노사 갈등은 새로운 국면을 맞이하며 해소되었다.