존더분트 전쟁은 1847년 11월 스위스 연방 내에서 발생한 내전이다. 보수적인 가톨릭 칸톤들이 결성한 '존더분트(Sonderbund, 분리 동맹)'와 진보적인 자유주의 세력이 주도하는 연방 의회 사이의 갈등이 무력 충돌로 비화한 사건이다. 이 전쟁은 스위스 역사에서 마지막으로 발생한 내전이며, 현대 스위스 연방 국가가 탄생하는 결정적인 계기가 되었다.

갈등의 핵심은 종교와 정치적 노선 차이에 있었다. 1840년대 스위스는 급진주의자와 자유주의자들이 중앙 집권화를 추진하며 교회의 영향력을 축소하려 했고, 이에 반해 루체른을 비롯한 가톨릭 칸톤들은 지역의 자치권과 가톨릭 전통을 수호하고자 했다. 특히 루체른이 교육을 담당하기 위해 예수회를 초청한 사건은 개신교와 자유주의 칸톤들의 거센 반발을 불러일으켰다. 이에 7개의 가톨릭 칸톤은 1845년 비밀리에 분리 동맹인 존더분트를 결성하여 독자적인 방어 체제를 구축했다.

연방 의회는 존더분트의 해산과 예수회 추방을 요구했으나 거부당하자, 1847년 11월 4일 군사적 대응을 결정했다. 기욤 앙리 뒤푸르 장군이 이끄는 연방군은 약 10만 명의 병력을 동원하여 존더분트 지역을 압박했다. 뒤푸르 장군은 유혈 사태를 최소화하기 위해 인도주의적 작전을 펼쳤으며, 압도적인 전력 차이를 바탕으로 전략적 요충지를 빠르게 점령했다. 전쟁은 시작된 지 약 26일 만인 11월 29일에 존더분트 측의 항복으로 끝났으며, 사망자는 100명 미만으로 집계될 만큼 규모에 비해 인명 피해가 적었다.

전쟁의 승리는 스위스의 국가 구조를 근본적으로 변화시켰다. 1848년 새로운 연방 헌법이 채택되면서 스위스는 느슨한 국가 연합체에서 중앙 정부를 갖춘 연방 국가로 탈바꿈했다. 내무, 외교, 군사권이 연방 정부로 집중되었으며, 단일 통화와 우편 제도가 도입되는 등 현대적 국가 기틀이 마련되었다. 또한 이 전쟁을 통해 확립된 타협과 통합의 정신은 스위스가 이후 국제 사회에서 영구 중립국으로서의 지위를 공고히 하는 밑거름이 되었다.