2013년 메이저리그 베이스볼(MLB) 신인드래프트는 2013년 6월 6일부터 8일까지 사흘간 진행된 제49회 신인 선수 선발 절차다. 미국, 캐나다 및 미국 영토 내 고등학교와 대학교에 재학 중인 아마추어 선수들을 대상으로 하였으며, 총 40라운드에 걸쳐 지명이 이루어졌다. 휴스턴 애스트로스가 2012년에 이어 2년 연속으로 전체 1순위 지명권을 행사하며 드래프트의 시작을 알렸다.

전체 1순위의 영광은 스탠퍼드 대학교 출신의 우완 투수 마크 아펠에게 돌아갔다. 아펠은 이미 전년도 드래프트에서 피츠버그 파이리츠에 전체 8순위로 지명되었으나, 계약 조건에 합의하지 못하고 대학 잔류를 선택한 끝에 1년 만에 전체 1순위 지명을 받아내는 데 성공했다. 그러나 아펠은 프로 입단 이후 기대만큼의 성장세를 보이지 못했고, 잦은 부상과 부진이 겹치며 메이저리그 역사상 가장 성과가 저조했던 1순위 지명자 중 한 명으로 기록되는 아쉬움을 남겼다.

반면 전체 2순위로 시카고 컵스에 지명된 3루수 크리스 브라이언트는 드래프트 동기들 중 가장 압도적인 활약을 펼쳤다. 브라이언트는 데뷔 직후 신인왕을 차지한 데 이어 이듬해인 2016년 내셔널리그 MVP를 수상했고, 시카고 컵스의 '염소의 저주'를 깨는 월드시리즈 우승의 주역이 되었다. 이 외에도 3순위 존 그레이(콜로라도 로키스), 17순위 팀 앤더슨(시카고 화이트삭스) 등 1라운드 상위 지명자들이 메이저리그 주전급 선수로 자리 잡으며 리그의 세대교체를 이끌었다.

특히 2013년 드래프트는 1라운드 후반과 하위 라운드에서 대형 스타들이 다수 배출된 것으로 유명하다. 뉴욕 양키스는 1라운드 전체 32순위로 애런 저지를 지명했는데, 그는 이후 메이저리그를 대표하는 홈런 타자로 성장하며 역대 드래프트 최고의 수확 중 하나가 되었다. 또한 로스앤젤레스 다저스는 4라운드에서 코디 벨린저를, 뉴욕 메츠는 12라운드에서 제프 맥닐을 지명하는 등 하위 라운드에서도 리그 MVP 및 타격왕 출신 선수들이 등장하며 드래프트의 깊이를 증명했다.

이 드래프트는 새로운 노사협약(CBA)에 의한 보너스 풀(Bonus Pool) 제도가 엄격하게 적용되던 초기 시기로, 구단들의 전략적인 계약금 배분이 큰 변수로 작용했다. 상위 순위 지명자의 성패가 극명하게 갈린 점과 더불어, 애런 저지와 같은 하위 순위 유망주의 발견은 드래프트에서의 스카우팅 역량이 구단의 미래에 얼마나 큰 영향을 미치는지를 다시 한번 확인시켜 준 사례로 평가받는다.