2006년 AFC 프레지던트컵은 아시아 축구 연맹(AFC)이 주관한 두 번째 AFC 프레지던트컵 대회다. 이 대회는 AFC 가맹국 중 축구 수준이 '신흥국'으로 분류된 국가의 리그 우승 클럽들이 참가하는 대회로, 하위 리그 팀들에게 국제 경기 경험을 제공하고 아시아 축구의 전반적인 발전을 도모하기 위해 개최되었다. 2006년 대회는 말레이시아의 쿠칭에서 5월 10일부터 5월 21일까지 진행되었다.

대회에는 총 8개국에서 각각 한 팀씩 참가하였다. 조별 예선은 두 개의 조로 나뉘어 치러졌으며, A조에는 케마라(캄보디아), 대동(차이니스 타이베이), 트랜스포트 유나이티드(부탄), 파키스탄 아미(파키스탄)가 편성되었다. B조에는 바흐쉬(타지키스탄), 도르도이 디나모(키르기스스탄), 마낭 마르샹디(네팔), 라트남 SC(스리랑카)가 포함되어 순위 경쟁을 벌였다. 각 조의 상위 2개 팀이 4강 준결승에 진출하는 방식으로 운영되었다.

조별 예선 결과 A조에서는 케마라와 대동이 각각 1위와 2위를 차지하며 준결승에 올랐고, B조에서는 바흐쉬와 도르도이 디나모가 나란히 토너먼트에 진출했다. 준결승 첫 번째 경기에서는 타지키스탄의 바흐쉬가 차이니스 타이베이의 대동을 3-1로 꺾으며 결승에 선착했다. 이어지는 두 번째 준결승 경기에서는 키르기스스탄의 도르도이 디나모가 캄보디아의 케마라를 3-0으로 완파하며 결승 진출권을 획득했다.

결승전은 2006년 5월 21일 사라와크 스타디움에서 열렸다. 중앙아시아의 두 강호인 도르도이 디나모와 바흐쉬가 맞붙은 이 경기는 매우 팽팽하게 전개되었다. 전후반 90분 동안 승부를 가리지 못한 두 팀은 연장전에 돌입했으며, 결국 도르도이 디나모가 2-1로 승리하며 대망의 우승컵을 들어 올렸다. 이는 도르도이 디나모가 대회 역사상 처음으로 차지한 우승이며, 지난 2005년 초대 대회 준우승의 아쉬움을 씻어낸 결과였다.

이번 대회의 최우수 선수(MVP)로는 우승팀 도르도이 디나모의 로만 코르닐로프가 선정되었으며, 캄보디아 케마라의 치암 초나는 총 5골을 기록하며 득점왕에 올랐다. 2006년 AFC 프레지던트컵은 신흥국 클럽 간의 경쟁력을 확인하는 계기가 되었으며, 특히 중앙아시아 국가들의 강세가 뚜렷하게 나타난 대회로 기록되었다.