필리핀 제2공화국은 1946년부터 1947년까지 필리핀에서 존재했던 짧은 기간의 정부 체제를 의미한다. 이 공화국은 일본 제국의 점령 기간 동안, 특히 제2차 세계 대전 중 일본군의 통치 하에서 수립된 방식으로 운영된 정부였다. 필리핀의 독립을 위한 과도기적인 정부로서, 일본의 후원 아래에서 형성되었다.

제2공화국의 형성은 1943년 10월 14일 일본의 지지 하에 선언되었으며, 마누엘 L. 케손 (Manuel L. Quezon) 대통령의 후임으로 후안 가리노 (José P. Laurel)가 대통령으로 취임했다. 정부는 필리핀 전역에서 일본의 전쟁 지원과 협력을 바탕으로 운영되었고, 일본의 영향력이 크고 자율권이 제한적이었다.

제2공화국의 헌법은 1943년에 통과되었으며, 이는 필리핀의 독립을 선언했으나 실질적으로 일본의 통제 하에 있었다. 이 시기에는 기본적인 사회 서비스와 교육 정책이 실시되었고, 일본의 전쟁에 필요한 자원과 지원이 강요되었다. 그러나 필리핀 국민은 일본의 통제와 격렬한 저항운동으로 인해 큰 고통을 겪었다.

1945년 제2차 세계 대전의 종전 이후, 필리핀은 다시 미국의 지배 하에 들어갔고, 제2공화국은 사실상 무너지게 되었다. 1946년 7월 4일 필리핀은 미국으로부터 독립을 선언하고, 제3공화국으로의 이행을 시작했다. 제2공화국은 필리핀 역사에서 중요한 위치를 차지하지만, 일본 제국의 영향 아래 운영된 정부라는 점에서 비정상적인 성격을 가진 정부로 간주된다.