오토 3세(Otto III, 980년 7월 980일 ~ 1002년 1월 23일)는 신성 로마 제국의 황제이자 독일 왕으로, 996년부터 1002년까지 통치하였다. 그는 오토 대제와 에드가 영국 왕의 손자로, 그의 어머니인 성녀 에드비자와 아버지인 오토 2세의 둘째 아들이었다. 오토 3세는 15세에 즉위하였으며, 그의 통치는 제국의 문화적 및 정치적 발전에 많은 영향을 미쳤다.

그의 치세는 기사도와 학문, 예술의 발전을 중시한 것으로 유명하다. 오토 3세는 로마를 중시하여 교황과의 관계를 강화하고, 로마를 제국의 중심지로 삼으려 했다. 그는 또한 동유럽 및 이탈리아와의 외교를 강화하고, 그의 재위 기간 동안에 제국의 국경을 넓히기 위한 노력을 기울였다.

그의 통치 초기에는 귀족과의 갈등이 있었으나, 그는 다양한 지역의 귀족과의 연합을 통해 통치를 강화했다. 오토 3세는 제국 내 다양한 문화와 전통을 존중하며, 다국적 사회를 형성하고자 했다. 또한, 그는 요한계시록의 영향을 받아 신의 왕국을 지향하는 '천년왕국' 개념을 강조하였다.

그의 통치는 불행히도 짧았으며, 22세의 나이에 사망하였다. 그의 죽음 이후, 제국은 정치적 불안정을 겪었고, 그의 후계자인 하인리히 2세가 통치하게 된다. 오토 3세는 비록 짧은 재위 기간이었지만, 그의 이상과 비전은 후에 신성 로마 제국의 정치적 및 문화적 방향성에 큰 영향을 미쳤다.