본격 미스터리 베스트 100은 일본의 출판사인 문예춘추(文藝春秋)에서 발행한 미스터리 소설 가이드북이자 작품 선정 목록이다. 이 목록은 추리 소설 장르 중에서도 논리적인 수수께끼 풀이와 트릭을 중시하는 '본격(本格)' 미스터리 작품들을 대상으로 전문가와 독자들의 투표를 거쳐 선정되었다. 일본 미스터리 문학의 흐름을 정리하고 독자들에게 양질의 작품을 추천하는 지표로서 높은 권위를 인정받는다.

최초의 목록은 1985년 '문춘문고(文春文庫)'의 기획으로 발표되었다. 당시 문예춘추는 작가, 평론가, 추리 소설 애호가들을 대상으로 대규모 설문 조사를 실시하여 일본 국내 작품과 해외 작품 각각 100위까지의 순위를 매겼다. 이 목록은 당시까지 발간된 미스터리 소설들을 총망라하여 장르의 정전(正典)을 확립하려는 시도였으며, 이후 미스터리 독자들 사이에서 필독서 목록으로 통용되었다.

선정 기준은 미스터리 장르의 본질인 '페어플레이'와 '논리적 해결'에 무게를 둔다. 일본 국내 부문에서는 에도가와 란포, 요코미조 세이시와 같은 고전 거장들의 작품부터 선정 당시 활동하던 작가들의 주요작이 포함되었다. 해외 부문에서는 아가사 크리스티, 엘러리 퀸, 존 딕슨 카 등 황금기 거장들의 걸작들이 상위권을 차지하며 정통 추리 소설의 계보를 명확히 보여주었다.

2012년에는 1985년판 이후 약 27년 만에 개정판인 '본격 미스터리 베스트 100 [개정신판]'이 발간되었다. 이는 1980년대 후반부터 일본 미스터리계를 휩쓴 '신본격' 흐름을 반영하고 현대적 감각에 맞게 목록을 갱신하기 위한 목적이었다. 개정판에서는 시마다 소지, 아야쓰지 유키토 등 신본격 작가들의 작품이 대거 상위권에 진입하였으며, 시대의 변화에 따라 고전과 현대 작품의 평가가 어떻게 변화했는지를 보여주는 사료적 가치를 지니게 되었다.

이 목록은 단순히 순위를 매기는 것에 그치지 않고 각 작품에 대한 상세한 해설과 추천 이유를 수록하여 백과사전적 기능을 수행한다. 일본 출판계에서는 이 목록에 선정된 작품들을 중심으로 재출간이나 특별 판촉 행사를 진행하기도 하며, 미스터리 입문자들에게는 장르의 역사와 구조를 이해하는 데 필수적인 길잡이 역할을 한다. 전문적인 비평가들의 시각과 일반 독자들의 선호도가 결합된 결과물이라는 점에서 그 영향력이 매우 크다.