세균(Bacteria)은 생물계에서 가장 하등한 미생물 중 하나로, 핵막이 없는 단세포 원핵생물이다. 이들은 핵, 미토콘드리아, 엽록체와 같은 복잡한 세포 소기관을 갖추고 있지 않으며, 유전 물질인 DNA가 세포질에 퍼져 있는 구조를 띤다. 세포막 바깥쪽에는 세포의 형태를 유지하고 내부를 보호하는 견고한 세포벽이 존재하며, 이는 주로 펩티도글리칸이라는 성분으로 구성된다.

세균은 지구상의 거의 모든 환경에 서식한다. 토양, 물, 공기 중은 물론이고 온천이나 극지방, 심해와 같이 극한의 환경에서도 생존이 가능하다. 또한 인간을 포함한 동식물의 몸 안팎에서 공생하거나 기생하며 살아간다. 이러한 광범위한 분포는 세균이 가진 뛰어난 적응력과 영양 섭취 방식의 다양성 덕분이다. 일부 세균은 광합성을 통해 스스로 영양분을 만들기도 하고, 일부는 외부의 유기물을 분해하여 에너지를 얻는다.

자연 생태계에서 세균은 물질 순환의 핵심적인 역할을 수행한다. 동식물의 사체나 배설물을 분해하여 유기물을 무기물로 환원함으로써 토양을 비옥하게 하고 생태계가 유지될 수 있도록 돕는다. 인간 생활에서도 유용하게 활용되는데, 김치나 요거트와 같은 발효 식품의 제조, 항생제 및 효소 생산, 오염 물질을 정화하는 환경 복원 등 다양한 산업 및 의료 분야에서 중요한 위치를 차지한다.

반면, 일부 세균은 인간이나 동식물에게 질병을 일으키는 병원체로 작용한다. 폐렴균, 결핵균, 콜레라균 등은 인체에 침입하여 독소를 분출하거나 조직을 파괴하며 치명적인 질환을 유발한다. 인류는 이러한 병원성 세균에 대항하기 위해 항생제를 개발해왔으나, 무분별한 사용으로 인해 항생제에 내성을 가진 슈퍼박테리아가 출현하는 등 현대 의학의 새로운 과제가 발생하고 있다.

세균의 번식은 주로 이분법이라는 무성 생식을 통해 이루어진다. 적절한 온도와 영양 조건이 갖춰지면 하나의 세포가 두 개로 나뉘는 과정이 매우 빠르게 반복되어 기하급수적으로 개체 수가 늘어난다. 형태에 따라서는 구형인 구균, 막대 모양인 간균, 나선형인 나선균 등으로 분류되며, 산소의 필요 여부에 따라 호기성 세균과 혐기성 세균으로 나뉘기도 한다.