서울메트로9호선운영(주)은 서울 지하철 9호선의 1단계 구간인 개화역에서 신논현역 사이의 운영 및 유지보수를 담당했던 전문 운영 기업이다. 2007년 6월 29일 설립되었으며, 2009년 7월 24일 지하철 9호선 1단계 구간의 개통과 함께 본격적인 열차 운행 및 역무 관리 업무를 시작하였다. 이 기업은 사업 시행사인 서울시메트로9호선(주)으로부터 운영권을 위탁받아 실무를 수행하는 구조로 운영되었다.

회사의 지분 구조는 설립 당시 프랑스의 글로벌 교통 기업인 베올리아 트랜스포트(현 트랜스데브)가 80%, RATP Dev가 20%를 보유한 형태였다. 이는 대한민국 도시철도 역사상 처음으로 외국계 자본이 주도하는 민간 운영사가 공공 교통 수단의 실질적인 운영을 맡은 사례였다. 외국계 운영사의 도입은 효율적인 경영 기법과 선진적인 운영 시스템을 이식하려는 목적에서 추진되었다.

운영 기간 동안 서울메트로9호선운영은 대한민국 도시철도 최초로 급행 열차 서비스를 도입하고 역무원 업무의 효율화를 도모하는 등 차별화된 운영 방식을 선보였다. 그러나 민간 위탁 운영 모델의 한계로 인해 만성적인 인력 부족과 높은 노동 강도, 그리고 수익성 중심의 경영에 따른 공공성 저해 논란이 지속적으로 제기되었다. 특히 다단계 위탁 구조로 인한 비용 발생과 외국계 대주주에 대한 고배당 문제는 사회적인 비판의 대상이 되기도 했다.

2019년 6월 30일, 사업 시행사인 서울시메트로9호선(주)과의 위탁 운영 계약이 만료됨에 따라 서울메트로9호선운영은 해당 구간의 운영권에서 물러났다. 서울특별시는 운영 구조의 단순화를 통해 경영 투명성을 높이고 공공성을 강화하고자 기존의 위탁 방식을 폐지하기로 결정했다. 이에 따라 2019년 7월 1일부터는 시행사인 서울시메트로9호선(주)이 1단계 구간을 직접 관리하게 되었으며, 서울메트로9호선운영은 법인 청산 절차를 거치며 해산되었다.