자기가축화(自己家畜化, self-domestication)는 인간의 개입 없이 특정 동물이 자연선택이나 환경적 요인에 의해 인간과의 상호작용 속에서 점진적으로 변화하고, 결국 인간의 생활에 적합한 특성을 가지게 되는 과정을 의미한다. 이 개념은 주로 동물에 적용되지만, 식물의 경우에도 비슷한 과정을 경험할 수 있다.

자기가축화의 과정은 일반적으로 자연환경에서의 생존과 번식에 유리한 특성을 가진 개체가 선택되어 그 특성이 다음 세대에 전달되는 방식으로 진행된다. 특정한 동물들이 인간 사회와 밀접히 연관되면서, 사람들과의 상호작용을 통해 친화력, 순응도, 사회적 행동 등의 특성이 강화되기도 한다.

예를 들어, 몇 가지 동물들은 인간과의 관계 속에서 보다 순하고 작은 신체 구조를 가지게 되거나, 특정한 사회적 행동 양식을 개발하는 등의 변화가 일어난다. 이러한 변화들은 자주, 우리가 흔히 가축화라고 부르는 과정과 유사하지만, 자기가축화에서는 인간의 직접적인 선택적 breeding(선택적 번식)이 아닌 자연적인 선별 과정이 중요하다.

자기가축화는 인류 역사상 중요한 역할을 해왔으며, 초기 인류가 수렵과 채집에서 정착 생활로 전환하는 과정에서 중요한 동물들이 자기가축화의 일환으로 가정되며 관리되는 경우가 많았다. 또한, 현대 생태학이나 진화생물학에서는 자기가축화의 개념이 연구의 중요한 주제로 자리잡고 있으며, 인간과 자연 사이의 복잡한 관계 이해를 돕는 중요한 요소로 여겨진다.