일본과 오키나와의 관계는 역사적, 문화적, 정치적 맥락에서 복합적인 양상을 띤다. 오키나와는 일본의 최남단에 위치한 섬들로 이루어진 지역으로, 본토와는 지리적으로 멀리 떨어져 있다. 역사적으로 오키나와는 류큐 왕국으로 알려진 독립적인 왕국이었으며, 15세기에서 19세기 중반까지 자치적인 정치 체계를 유지하였다. 류큐 왕국은 일본, 중국, 그리고 동남아시아와의 무역을 통해 번영을 누렸다.

19세기 중반, 일본이 메이지 유신을 통해 중앙집권적인 국가로 재편되면서, 오키나와는 1879년 일본에 병합되었다. 이후 오키나와는 일본의 일부로 통합되었지만, 지역 주민들은 일본 본토와는 다른 언어와 문화를 보존하고 있었다. 이러한 문화적 차별은 오키나와 주민들 사이에서 정체성의 갈등을 일으키기도 하였다.

제2차 세계대전 동안, 오키나와는 일본과 연합군 간의 격렬한 전투가 벌어진 주요 전장 중 하나였다. 전쟁이 끝난 후, 오키나와는 미국의 행정 하에 놓이게 되었고, 1972년까지 미국의 통치 아래 있었다. 이 시기 동안 오키나와는 미군 기지가 많이 세워졌으며, 이로 인해 지역 사회와 환경에 여러 가지 영향을 미쳤다.

1972년 일본에 반환된 이후에도 오키나와에는 여전히 많은 미군 기지가 존재하며, 이는 지역 주민들 사이에서 사회적, 경제적 논란을 일으키고 있다. 오키나와 주민들은 기지 문제와 관련하여 자주 항의하며, 지역 자치와 독립적인 정체성에 대한 요구를 지속적으로 제기하고 있다.

오늘날, 오키나와는 일본의 경제와 문화에 중요한 기여를 하고 있으며, 풍부한 자연경관과 독특한 문화유산을 바탕으로 관광 산업이 활성화되고 있다. 그러나 여전히 일본 본토와의 정치적, 경제적, 문화적 갈등이 지속되고 있으며, 이는 오키나와의 정체성과 미래에 대한 논의의 중요한 요소로 작용하고 있다. 이러한 복합적인 관계는 일본과 오키나와의 특수성을 나타내며, 양 지역 간의 상호 작용은 계속해서 발전하고 변화하는 양상을 보이고 있다.