스테파노 6세(또는 스테파노 VI, 라틴어: Stephanus VI, 약 883년 – 897년)는 896년부터 897년까지 재임한 로마 교황이다. 스테파노 6세는 교황이 되기 전, 주로 교회 내에서 여러 직책을 맡아 활동하였다. 그의 재위 기간은 정치적 혼란과 교회 내 권력 투쟁이 격화된 시점과 맞물려 있다.

스테파노 6세의 가장 잘 알려진 사건 중 하나는 대교황의 시신을 재판에 회부한 '시체 재판'이다. 그는 이전 교황인 포스카르 1세(Festus)와 스테파노 5세(Stephanus V)를 포함한 여러 교황과 교회 고위 인사들의 정책을 반대하며, 그들의 업적과 처벌을 주장하기 위해 897년 이례적으로 고인이 된 교황 덴리쿠스(후에 그는 교황으로 주목받음)의 시신을 법정에 출두시키기로 결심했다. 이로 인해 ‘시체 재판’이 실시되었고, 이 사건은 당시의 정치적 혼란과 성직자들 간의 권력 다툼을 상징하는 대표적인 사례가 되었다.

스테파노 6세는 속박 이전의 교황의 처벌에 해당하는 결정을 내렸고, 덴리쿠스의 시신은 유죄 판결을 받고 무참히 훼손당했다. 이러한 행위는 그에게 많은 적을 만들었고, 그의 통치에 대한 반발을 부추겼다. 결국, 같은 해 스테파노 6세는 반대 세력에 의해 교황직에서 쫓겨났고, 교황으로서의 자격을 박탈당한 후 살해되었다.

스테파노 6세의 재임 기간은 교회의 권위와 정치적 권력이 상충하는 복잡한 상황을 보여주며, 이후에도 로마 가톨릭 교회 역사에서 중요한 논란으로 남아 있게 되었다. 그의 통치는 비극적인 사건들과 교회 내 권력 다툼의 대표적인 예로 기억되는 교황 중 하나로 평가되고 있다.