뿌리혹선충(학명: Meloidogyne spp.)은 뿌리혹선충과(Nematoda) 소속의 미세한 선충으로, 주로 식물의 뿌리에서 기생적인 생활을 한다. 이 선충은 식물의 뿌리에 침입하여 세포 내부에서 생존하며, 결국 루트 혹(root gall)을 형성하는 특징이 있다. 이러한 혹은 식물의 정상적인 성장에 방해가 되어 생산성이 저하될 수 있다.

뿌리혹선충은 전 세계적으로 분포하며, 농업에 큰 피해를 주는 주요 해충 중 하나이다. 피해를 입는 식물은 대부분 식물의 뿌리에 증식을 하면서 뿌리 시스템의 발달을 저해하고, 물과 영양소의 흡수를 방해한다. 이로 인해 식물은 성장 둔화, 황화, 고사 등의 증상을 보인다.

생활 주기에서는 알, 유생, 성체 단계를 거치며, 특히 성체는 주로 뿌리에서 발견된다. 이 선충은 암수 성이 구별되며, 상당수의 멜로이도기네 속 종은 단성 생식을 통해 빠르게 번식할 수 있다. 이는 뿌리혹선충의 대규모 발생을 초래하고, 농작물의 병해를 악화시킬 수 있는 요인이다.

제어 방법으로는 생물학적 방법, 화학적 저항제 및 면역이 강한 품종의 식물 재배 등이 있다. 또한, 작물 윤작이나 토양 관리 기술도 효과적인 방안으로 사용된다.