브레인 바이러스(Brain virus)는 컴퓨터 바이러스의 일종으로, 최초의 IBM PC 호환기종을 대상으로 한 바이러스 프로그램이다. 1986년 파키스탄의 파루크 앨비(Farooq Alvi)와 버스(Farooq Alvi Brothers) 형제에 의해 만들어졌다. 이 바이러스는 부트 섹터 바이러스의 초기 형태로, 플로피 디스크의 부트 섹터에 감염되어 시스템을 재부팅할 때 활성화되었다.

브레인 바이러스는 자기 복제 능력을 가지고 있으며, 자기 자신을 디스크의 빈 공간에 복사하고, 감염된 디스크를 사용하는 다른 컴퓨터로 퍼져 나갔다. 이 바이러스는 비교적 무해한 형태였지만, 곧 컴퓨터 성능 저하와 데이터 손실을 초래할 수 있는 문제를 유발했다.

브레인 바이러스의 주요 특징 중 하나는 감염된 디스크의 특정 섹터에 'Brain'이라는 단어와 함께 파루크 앨비 형제의 연락처 정보가 포함되어 있다는 점이다. 이로 인해 이 바이러스는 'Brain'이라는 이름을 얻게 되었다. 파루크 앨비 형제는 이후 이 바이러스의 존재에 대해 공개적으로 인정하며, 그들이 단지 불법 복제를 방지하기 위한 목적으로 이 바이러스를 개발했다고 밝혔다.

브레인 바이러스는 컴퓨터 보안의 중요성을 처음으로 부각시킨 사례 중 하나로, 이후 다양한 형태의 컴퓨터 바이러스와 해킹 공격이 등장하게 되는 계기가 되었다. 이 바이러스는 오늘날의 백신 프로그램과 안티바이러스 소프트웨어 개발에 있어서 중요한 교훈을 제공했다.