미스틱 스퀘어(Mystic Square)는 ZUN이 제작한 동방 프로젝트의 다섯 번째 작품이자, PC-98 기종으로 출시된 마지막 동방 프로젝트 게임이다. 1998년 12월 코믹마켓 55(C55)에서 발표되었으며, 전작인 '동방환상향'의 슈팅 시스템을 계승하고 더욱 발전시킨 형태를 띠고 있다. 이 게임은 PC-98 시대의 동방 시리즈 중 가장 완성도가 높고 현대적인 탄막 슈팅 게임의 기틀을 마련한 작품으로 평가받는다.

게임의 배경은 마계(魔界)를 중심으로 전개된다. 하쿠레이 신사 뒤편의 동굴에서 마물들이 계속해서 쏟아져 나오는 이상 현상이 발생하자, 주인공 일행은 그 원인을 파악하고 사태를 해결하기 위해 마계로 향한다. 플레이어 캐릭터는 하쿠레이 레이무, 키리사메 마리사, 미마, 카자미 유카 등 총 네 명으로, 각기 다른 공격 방식과 스토리를 가지고 있다. 이는 시리즈 역사상 플레이어 캐릭터 선택의 폭이 네 명으로 확장된 첫 번째 사례이기도 하다.

최종 보스는 마계의 창조주인 신키(神綺)이다. 신키는 마계의 모든 것과 그 거주자들을 직접 창조한 신적 존재로 묘사되며, 마물들이 인간계로 넘어가는 것을 적극적으로 막지 않았다는 이유로 주인공들과 대립하게 된다. 또한, 이 작품에는 훗날 윈도우 판 시리즈에서 주요 인물로 재등장하는 앨리스 마가트로이드가 처음으로 등장한다. 앨리스는 3면 보스와 엑스트라 스테이지 보스로 출연하며, 인형을 사용하는 등 이후 시리즈와 연결되는 특징적인 전투 방식을 보여준다.

시스템 측면에서는 아이템 수집 게이지와 탄막 패턴의 정교화가 이루어졌다. 보스전에서의 탄막은 전작보다 화려하고 복잡해졌으며, 플레이어의 조작감 또한 향상되었다. 총 6개의 정규 스테이지와 특정 조건을 만족하면 해금되는 엑스트라 스테이지로 구성되어 있다. 게임의 사운드트랙 역시 호평을 받았는데, ZUN 특유의 FM 음원 활용 능력이 정점에 달해 '판타스틱 오케스트라' 등 현재까지 회자되는 명곡들이 다수 포함되어 있다.

미스틱 스퀘어는 PC-98 기종의 한계를 끌어올린 탄막 구성과 연출을 보여주며 동방 프로젝트 초기작의 마침표를 찍었다. 이 작품 이후 동방 프로젝트는 약 4년간의 공백기를 가진 뒤, 플랫폼을 PC-98에서 윈도우(Windows)로 옮겨 '동방홍마향'으로 새롭게 복귀하게 된다. 따라서 미스틱 스퀘어는 구작(PC-98) 시리즈의 집대성이자 차기작으로 넘어가는 중요한 교두보 역할을 하는 작품이다.