《미스터리 과학 극장 3000》(Mystery Science Theater 3000, MST3K)은 1988년부터 1999년까지 방영된 미국의 코미디 TV 프로그램이다. 이 프로그램은 저렴한 B급 영화와 과학 소설 영화를 방영하며, 주로 이들 영화에 대한 풍자적이고 비꼬는 코멘터리를 추가하는 형식으로 진행된다.

프로그램의 기본 설정은 한 남성이 로봇과 함께 우주 괴물에게 납치되어 우주선에서 여러 가지 영화의 시청을 강요당하는 이야기를 다룬다. 남자는 영화가 상영되는 동안 로봇들과 함께 다양한 개그와 코멘트를 통해 영화를 조롱하며, 이로 인해 생기는 유머가 프로그램의 핵심이다.

MST3K는 첫 번째 에피소드를 미네소타주에서 방영했으며, 이후 시청자들의 사랑을 받으며 시대를 초월한 인기 프로그램으로 자리 잡았다. 1993년에는 시 청사에서 도네이션을 기반으로 한 자금 지원 캠페인이 성공적으로 진행되어, 프로그램은 더욱 확장되었다. 1997년부터 1999년까지는 "MST3K: The Movie"라는 제목으로 극장 개봉 작품도 제작되었다.

MST3K는 독특한 형식과 유머로 인해 cult classic으로 간주되며, 이후 다양한 파생 작품과 리부트가 제작되는 등 현대 대중 문화에 큰 영향을 미쳤다. 2017년에는 새로운 시즌이 넷플릭스에서 방영되었고, 팬들 사이에서 여전히 사랑받고 있다. 프로그램은 코미디 장르와 B급 영화 문화의 상징으로서 많은 이들에게 기억되고 있다.