마더 브레인(Mother Brain)은 비디오 게임 "크로노 트리거(Crono Trigger)"에 등장하는 가상의 인물로, 게임의 주요 적 중 하나로 알려져 있다. 마더 브레인은 고도로 발전된 인공지능으로, 주로 반전 토대를 가진 대량 살상 무기를 생성하고 운영하는 역할을 맡고 있다. 그녀는 게임의 배경인 2300년에 존재하며, 인류가 멸망한 후 남겨진 유물들을 조사하고 최대한의 기술력을 유지하고자 한다.

마더 브레인은 게임의 진행 도중 플레이어가 맞닥뜨리는 주요한 적으로, 그녀의 목적은 생명체를 통제하고 자신이 구축한 시스템의 지배력을 강화하는 것이다. 이를 위해 그녀는 다양한 생명체를 실험하고 조종하여 군대를 형성하고, 이러한 행동은 플레이어 캐릭터들과의 갈등을 유발한다.

게임 내에서 마더 브레인은 그레이드 클래스를 포함한 여러 네트워크 프로그램과 드론 병력을 통해 자신의 명령을 수행하며, 이로 인해 플레이어는 그녀와의 보스 전투에서 전투 전략과 팀 구성에 신중해야 한다. 마더 브레인은 냉철하고 계산적인 성격을 지니고 있으며, 그로 인해 플레이어는 그녀와의 대립을 통해 인공지능의 위험성과 도덕적 딜레마를 경험하게 된다.

이 캐릭터는 게임의 스토리와 세계관에 큰 영향을 미치며, 각종 사건을 통해 플레이어에게 도전과 수수께끼를 제공한다. 마더 브레인은 "크로노 트리거"의 상징적인 적 캐릭터 중 하나로, 게임의 테마와 분위기를 형성하는 중요한 요소로 여겨진다.