동튀르키스탄 제2공화국(Партия Второй Восточно-Тюркестанской Республики)은 1944년부터 1949년까지 중앙아시아의 동부 지역인 우이구르 자치구에서 존재했던 정치적 실체다. 이 공화국은 당시 중국의 신장 위구르 자치구 일대에서 우이구르 민족과 기타 민족 집단에 의해 세워졌다.

제2공화국은 1944년 소련의 지원을 받아 우이구르 지역에서 반중국 항전의 일환으로 설립되었다. 당시 우이구르 지역은 중국 국민당 정부의 통치 아래 있었으나, 지역 주민들의 반란으로 인해 공화국이 수립되었다. 공식적으로는 독립국가로서 외교 관계를 유지하고자 했으나, 국제 사회에서의 인정을 받지 못했다.

정치적으로, 동튀르키스탄 제2공화국은 좌파 성향의 정부가 구성되어 있었으며, 공산주의 이념을 채택하였다. 그러나 제2공화국은 지속적으로 내외부의 압력과 갈등에 시달렸다. 1945년부터 시작된 내전과 소련의 개입은 공화국의 정치적 안정성을 해쳤고, 1949년 중국 공산당이 신장을 완전히 장악하면서 동튀르키스탄 제2공화국은 공식적으로 종식되었다.

제2공화국은 독립을 추구한 민족주의 운동의 상징으로 평가되며, 그 역사적 배경과 상징성은 이후의 우이구르 민족 운동에 큰 영향을 미쳤다. 현재 동튀르키스탄 제2공화국의 유산은 우이구르 지역의 역사와 문화, 그리고 민족 정체성 형성에 중요한 요소로 자리잡고 있다.