대만총독부(臺灣總督府)는 일본이 대만을 식민지로 지배하던 시기에 설립된 행정기관으로, 1895년부터 1945년까지 대만의 통치를 담당했다. 일본의 청일전쟁 승리에 따라 체결된 시모노세키 조약에 의해 대만은 일본의 지배하에 놓이게 되었고, 이후 일본 제국의 식민지 정부로서 대만총독부가 설립되었다.

대만총독부의 수장은 총독이며, 총독은 일본 천황의 명을 받아 대만에서의 모든 외교 및 내정 문제를 관장했다. 대만총독부의 주요 임무는 대만의 행정, 경제, 군사 및 교육체계의 정비와 운영이었다. 초기에는 식민지적 통치 방식이 강조되었으나, 점차 대만의 근대화와 산업화를 추진하며 대만 사회 전반에 걸친 개혁을 실시했다.

대만총독부는 대만 내에서 중요한 정책을 결정하고, 중앙 정부와의 연계를 강화하는 역할을 했다. 또한 대만의 인프라 구축, 농업 및 산업 개발, 교육 제도의 정비 등 다양한 분야에서 일본의 영향을 미쳤다. 이 시기에 일본의 문화와 언어가 대만에 깊이 전파되었으며, 많은 대만 주민들이 일본의 교육 시스템을 통해 교육을 받았다.

1945년 제2차 세계대전의 종결과 함께 일본이 패망하면서 대만은 다시 중국의 관리 하에 들어가게 되었고, 대만총독부는 해체되었다. 현재 대만총독부 청사는 타이베이에 보존되어 있으며, 역사적 유산으로서 관광지로 이용되고 있다.