괴균은 식품의 부패나 변질을 일으키는 미생물을 일컫는 말이다. 주로 세균, 곰팡이, 효모 등이 이에 해당한다. 이들은 적절한 온도와 습도, 영양 조건이 갖춰지면 빠르게 증식하여 식품을 변질시킨다. 괴균의 활동으로 식품에서는 악취가 나거나 색깔이 변하는 등의 변화가 일어나며, 때로는 독소를 생성하여 식중독을 유발할 수 있다. 대표적인 괴균으로는 살모넬라, 대장균, 리스테리아 등의 세균과 페니실륨, 아스퍼질루스 등의 곰팡이가 있다. 식품 보존 기술의 대부분은 이러한 괴균의 증식을 억제하거나 사멸시키는 것을 목표로 한다.