곰TV MSL 시즌3는 2009년 5월부터 8월까지 개최된 스타크래프트: 브루드 워의 대회로, 곰TV가 주최하고 한국e스포츠협회가 주관하였다. MSL(마스터리 스틸 리그)은 스타크래프트 프로 리그 중 하나로, 프로게이머들이 참가하여 실력을 겨루는 대회이다.

시즌3에서는 총 16명의 선수가 참가하였으며, 이 대회는 조별 예선과 본선을 통해 최종 우승자를 가리는 형식으로 진행되었다. 조별 예선에서 각 선수들은 4명씩 4개 조로 나뉘어 세트 전적에 따라 본선 진출자를 결정했다. 본선에서는 8명의 선수가 4강 토너먼트 형태로 경쟁하였고, 이 과정은 팬들에게 큰 인기를 끌었다.

이 시즌의 우승자는 마재윤으로, 그는 결승에서 이영호를 제치고 우승을 차지하였다. 마재윤은 이로써 MSL에서 두 번째 우승을 기록하게 되었고, 이는 그의 프로경력에 큰 전환점이 되었다. 또한, 이 경기들은 웹 방송과 케이블 방송을 통해 생중계되며 많은 시청자들의 관심을 받았다.

곰TV MSL 시즌3는 전략과 전술이 중요한 스타크래프트 대회에서 선수들의 기량을 확인할 수 있는 중요한 이벤트로 자리 잡았으며, 한국 e스포츠의 발전에 기여한 바가 크다.