고후카쿠사 덴노(後深草天皇, 1259년 1월 6일 - 1307년 12월 15일)는 일본의 제88대 천황으로, 그의 통치 기간은 1259년부터 1287년까지였다. 본명은 후카쿠사 노 미코토(深草宮)이며, 천황으로 즉위하기 전에는 후카쿠사 친왕(深草親王)이라는 신분이었다. 고후카쿠사 덴노는 가레이 시대(鎌倉時代) 중간에 재위하였으며, 그 당시 일본은 막부 정치와 귀족 사회의 갈등이 심화되고 있었다.

천황 즉위 이후, 고후카쿠사 덴노는 정권의 실질적인 권력을 갖고 있었던 가마쿠라 막부와의 관계를 유지하며 정치적 상황을 조율하려 했다. 그의 통치 기간 동안 일본은 다양한 내정과 외교적 사안을 경험하였으며, 특히 몽골 제국의 두 차례 침입에 직면했다. 하지만 실제 정치 권력은 막부에 집중되어 있었고, 천황은 종교적 및 상징적 역할에 한정되는 경우가 많았다.

고후카쿠사 덴노는 문학과 예술 분야에도 관심을 두었으며, 이 시기에는 여러 가지 문화적 성장을 이룩했다. 그는 불교와 관련된 작품에 특히 애착을 두었고, 자신의 후원 아래 많은 문화 단체가 형성되었다. 통치 말년에는 천황의 권위 회복을 위해 노력했으나, 막부와의 관계가 복잡해 상황이 나아지지 않았다.

고후카쿠사 덴노는 1287년 은퇴하였고, 이후에는 사후에 고후카쿠사 천황(後深草天皇)이라는 이름으로 기억되게 된다. 그의 재위 기간은 일본 역사에서 중요한 전환점으로 여겨지며, 귀족 정치와 막부 정치 간의 갈등을 상징하는 시기로 기록된다.