고다이고 천황(後醍醐天皇, 1288-1339)은 일본의 제96대 천황이다. 가마쿠라 막부 말기부터 남북조 시대 초기에 걸쳐 재위했다. 본명은 다카하루(尊治)이며, 고우다 천황의 아들이다.

1318년에 즉위했으며, 가마쿠라 막부의 지배에서 벗어나 천황 중심의 정치를 회복하려 했다. 1331년 겐코의 난을 일으켰으나 실패하여 오키 섬으로 유배되었다.

1333년 아시카가 다카우지와 니타 요시사다의 도움으로 가마쿠라 막부를 타도하고 교토로 돌아와 건무 중흥(建武中興)을 시도했다. 그러나 새로운 정치 체제에 불만을 품은 무사들의 반발로 1336년 다시 요시노로 피신했다.

요시노에서 남조를 수립하고 아시카가 다카우지가 세운 북조와 대립했다. 1339년 요시노에서 사망했다.

고다이고 천황은 문학에도 조예가 깊었으며, '마사카도키'와 '신요키'라는 역사서를 남겼다. 그의 정치 개혁 시도와 남북조 시대의 시작은 일본 중세 역사의 중요한 전환점으로 평가된다.